تهدف الهيئة إلي استثمار أموال الأوقاف، سواء أكانت أراضي زراعيه أو املاك أو عقارات، وكذلك تُقدِّيم الاراضي لاقامة مشروعات ذات النفع العام تعود بالنفع على المواطن المصري. لا سيما في قطاعات الصحة والتعليم والخدمات العامة

أولاً: الحفاظ على ممتلكات الأوقاف واتخاذ التدابير اللازمة ضد أي تعدٍّ على أموالها، بالتعاون مع جميع الجهات المختصة.
ثانياً : استثمار أموال الوقف لتحقيق أفضل عائد ممكن، وتوفير الأموال اللازمة للاتفاق على الاوجه المحدده لذلك. ثالثاً : التعاون مع مديرية الزراعة في تحديد مساحة الأوقاف على الوضع الصحيح بشأن الحيازات وصرف الاسمدة واستخراج كارت الفلاح وإزالة اي معوقات لحسن سير العمل رابعاً : التوضيح المستمر للمتعاملين مع هيئة الأوقاف بما له من حقوق وما عليه من إلتزامات بشأن التعامل مع الأوقاف سؤاء علي الأراضي الزراعية او قطاع ألاسكان لضمان استمرار العلاقات علي الوجه الصحيح ووفقاً للقانون والتعليمات
خامساً : تشجيع القطاع الخاص على الدخول في مشاركات مع الهيئة لاستغلال أصول الهيئة بأفضل صورة بما يعود بالنفع علي الاقتصاد المصري وتوفير فرص العمل